Sob o reinado de D. João IV, Portugal reorganizou suas forças militares, no sentido de otimizar seu poder de combate.
Com a Restauração em Portugal, João IV, necessitando de se defender dos espanhóis, dá mais um passo, criando aquilo que poderá já ser considerado como um primeiro exército permanente, organizando o exército a em Distritos de Recrutamento e em Unidades Territoriais, uma vez que a sua responsabilidade era a de assegurar o recrutamento, instrução e disciplina das tropas.
Ao mesmo tempo em que constituía as tropas em três escalões: o Exército de Linha, as Tropas Auxiliares e as Tropas Territoriais.
A esta nova organização militar corresponderia:
- Exército de linha: constituído pelos «soldados pagos», ou seja, uma força profissional paga, que era levantada entre as ordenanças, proporcionalmente ao número de homens alistados, devendo ter cerca de 20.000 infantes e 4.000 cavaleiros, organizados em terços, sustentados pelos impostos que as Cortes permitiriam;
-Tropas auxiliares (Milicias): constituídas pelos «soldados auxiliares», que eram os que tinham ficado excluídos das levas; composta pelas milícias e tropas auxiliares, também organizados em terços, mas de recrutamento e comando local, podendo ser usados para apoiar e reforçar as forças de primeira linha, e guarnecer fortificações;
- Tropas territoriais (Ordenanças): constituídas pelas Ordenanças às quais competia dar apoio às forças de primeira linha e substituir na guarnição das praças as tropas em campanha. Eram compostas por todos os homens válidos dos 16 aos 70 anos, e que teria meramente uma função de defesa local e de mobilização ocasional.
Esta organização passaria a ser referida e conhecida como sendo constituída por tropas de 1ª e 2ª linhas., sendo esta ultima dividida em duas (tropas auxiliares ou Milícias e as Tropas territoriais ou Ordenanças).
Como sempre neste Reino, a estrutura era bem organizada em termos de “papel”, mas em termos reais, não se aproximava em nada da realidade. O exército de linha nunca atingiu os efetivos previstos, salvo em raras ocasiões, e os seus efetivos eram sistematicamente completados por elementos dos terços Auxiliares (milícias) , e mesmo quando necessário, por ordenanças da zona onde operava.
Só após o fim da campanha do Rossilhão, entre 1 e 7 de Agosto de 1796 foi promulgada legislação tendente à reorganização do exército, prevendo entre outros o aumento de efetivos da cavalaria, artilharia e infantaria, a criação de regimentos de Milícia, em substituição dos Terços Auxiliares.
Efetivamente, em 7 de Agosto de 1796, tenta-se criar uma verdadeira segunda linha, dando aos terços auxiliares, agora denominados regimentos de milícias, uma organização regimental idêntica aos regimentos de primeira linha. Assim, os 43 Terços Auxiliares das comarcas passaram a ser denominados Regimentos de Milícias.
Em 1806-1807 foram reorganizados os regimentos de linha, as milícias e as brigadas de ordenanças. A estrutura da Infantaria, criada em 1640, não foi modificada significativamente até 1836, com o fim da guerra civil. Foi com base na organização original de 1640, que a arma evoluiu durante 200 anos. No entanto, na estrutura interna, o número dos seus efetivos foi evoluindo, de acordo com os acontecimentos, as necessidades, o desenvolvimento da técnica e da tática militares.
